昭和８年５月、内務省新潟土木出張所酒田港修築事務所として設置され、２０年５月酒田工場（後の第一工事課、現南管理所）等を併設して運輸省第一港湾建設部酒田港工事事務所となりました。昭和４６年４月、北港建設工事を担当する第二工事課（現北港事務所）が新設され、平成９年４月には、酒田港工事事務所の名称を酒田港湾工事事務所に変更しました。 昭和８年の設置当初、山居町にあった庁舎は、２０年８月の空襲により被災したため、２２年３月新町２８２（現在大浜一丁目３－２１）に移転し、４６年３月、現在地に移転しました。 平成１３年１月に国土交通省に移行し、東北地方整備局酒田港湾工事事務所となり、平成１５年４月、東北地方整備局酒田港湾事務所に名称変更しました。
